O fenótipo autista é amplamente variado, e caracteriza-se por apresentar desvios em três importantes domínios do desenvolvimento humano: comunicação, sociabilização e comportamento Estas características geralmente são notadas nos primeiros três anos de vida, persistindo até a idade adulta (MELLO, 2000; ALISON MCINNES, 2002; GADIA; TUCHMAN; ROTTA, 2004; MULAS et al., 2004; ELIAS; ASSUMPÇÃO JR, 2006; CANAL BEDIA et al., 2006; KLIN, 2006; MUÑOZ YUNTA et al., 2006; NIKOLOV; JONKER; SCAHILL, 2006; BALBUENA RIVERA, 2007; CABRERA, 2007; SOLÍS-AÑEZ; DELGADO-LUENGO; HERNÁNDEZ, 2007; JESNER; AREF-ADIB; COREN, 2008; SATO, 2008; TAMANAHA; PERISSINOTO; CHIARI, 2008; CAMARGO; BOSA, 2009; RUIZ-LÁRARO; POSADA DE LA PAZ; HIJANO BANDERA, 2009; SILVA; MULICK, 2009).
A comunicação se encontra prejudicada, tanto nos comportamentos verbais quanto nos não verbais. A fala pode ser atrasada, não se manifestar ou ainda ser ecolálica, sem expressão de sentimentos e uso de palavras apenas em seu sentido literal. O mesmo é válido para comunicação não-verbal, apresentando nestes indivíduos falta de contato visual, grande dificuldade na compreensão e produção de gestos e expressões faciais (MELLO, 2000; ALISON MCINNES, 2002; GADIA; TUCHMAN; ROTTA, 2004; MULAS et al., 2004; CANAL BEDIA et al., 2006; KLIN, 2006; MUÑOZ YUNTA et al., 2006; NIKOLOV; JONKER; SCAHILL, 2006; BALBUENA RIVERA, 2007; CABRERA, 2007; SOLÍS-AÑEZ; DELGADO-LUENGO; HERNÁNDEZ, 2007; DIGGLE; MCCONACHIE; RANDLE, 2008; TAMANAHA; PERISSINOTO; CHIARI, 2008; CAMARGO; BOSA, 2009; RUIZ-LÁRARO; POSADA DE LA PAZ; HIJANO BANDERA, 2009; SILVA; MULICK, 2009).
Os problemas na sociabilização caracterizam-se pela dificuldade para iniciar, estabelecer e/ou manter algum tipo de interação social. Por vezes, só fala sobre os assuntos que prefere; repetindo este assunto e evitando outros. Apresenta uma pobre consciência do próximo não conseguindo colocar-se no lugar de outras pessoas. Adolescentes e adultos que apresentam habilidades cognitivas adequadas podem isolar-se e/ou apresentar quadros de transtornos depressivos e de ansiedade (MELLO, 2000; ALISON MCINNES, 2002; GADIA; TUCHMAN; ROTTA, 2004; MULAS et al., 2004; CANAL BEDIA et al., 2006; KLIN, 2006; MUÑOZ YUNTA et al., 2006; NIKOLOV; JONKER; SCAHILL, 2006; BALBUENA RIVERA, 2007; CABRERA, 2007; SOLÍS-AÑEZ; DELGADO-LUENGO; HERNÁNDEZ, 2007; DIGGLE; MCCONACHIE; RANDLE, 2008; TAMANAHA; PERISSINOTO; CHIARI, 2008; CAMARGO; BOSA, 2009; RUIZ-LÁRARO; POSADA DE LA PAZ; HIJANO BANDERA, 2009; SILVA; MULICK, 2009).
Em relação ao comportamento, indivíduos autistas apresentam um repertório restrito e repetitivo de interesses, fazendo com que precisem intensamente da permanência de sua rotina, presença de gestos estranhos (estereotipias) nos quais buscam conforto (e.g., balançar o tronco) (MELLO, 2000; ALISON MCINNES, 2002; GADIA; TUCHMAN; ROTTA, 2004; MULAS et al., 2004; CANAL BEDIA et al., 2006; KLIN, 2006; MUÑOZ YUNTA et al., 2006; NIKOLOV; JONKER; SCAHILL, 2006; BALBUENA RIVERA, 2007; CABRERA, 2007; SOLÍS-AÑEZ; DELGADO-LUENGO; HERNÁNDEZ, 2007; DIGGLE; MCCONACHIE; RANDLE, 2008; TAMANAHA; PERISSINOTO; CHIARI, 2008; CAMARGO; BOSA, 2009; RUIZ-LÁRARO; POSADA DE LA PAZ; HIJANO BANDERA, 2009; SILVA; MULICK, 2009).
As respostas anormais a estímulos sensoriais (hipo ou hipersensibilidade auditiva), sensibilidade tátil, aversão ao toque, fascínio por determinados estímulos visuais, alta tolerância a dor, falta de percepção do perigo, acessos de ira, comportamento automutilante e reações emocionais ausentes ou diminuídas, também contribuem para os problemas de comportamento dos autistas (GADIA; TUCHMAN; ROTTA, 2004; KLIN, 2006; SILVA; MULICK, 2009).
Atualmente, a literatura descreve tanto autistas clássicos, com ausência de comunicação verbal e deficiência mental grave, quanto autistas com sociabilidade comprometida, que apresentam habilidades verbais e o não comprometimento da capacidade intelectual. Esta heterogeneidade tornou mais apropriado o uso do termo transtornos invasivos do desenvolvimento (TID) (CARVALHEIRA; VERGANI; BRUNONI, 2004; GADIA; TUCHMAN; ROTTA, 2004; LAMPREIA, 2004; KLIN, 2006; KLIN; MERCADANTE, 2006; NIKOLOV; JONKER; SCAHILL, 2006; QUIJADA, 2008; SATO, 2008).
Além dos prejuízos cognitivos, alguns casos de crises convulsivas são comuns, principalmente na infância, em aproximadamente 30% dos casos (GADIA; TUCHMAN; ROTTA, 2004; MORALES, 2006; ZILBOVICIUS; MERESSE; BODDAERT, 2006; QUIJADA, 2008; RUIZ-LÁRARO; POSADA DE LA PAZ; HIJANO BANDERA, 2009; SILVA; MULIK, 2009).